보조 프로그램이라 함은 별도의 응용 프로그램 외에 윈도우 98에서 기본적으로 제공하는 프로그램들로서 여러 가지 유용한 프로그램들로 구성이 되어져 있다.
즉, 게임, 멀티미디어, 시스템도구, 계산기, 그림판, 메모장, 문자표, 사용자 정의 문자 편집기, 온라인 등록, 워드패드, 전화걸기, 전화접속 네트워킹, 케이블 직접 연결, 클립보드 표시기, 하이터미널이 있다. 여기서는 필요한 몇 가지 기능을 알아본다.

가. 메모장
간단한 TXT 문서를 불러 올 수 있으며 적은 양의 문서를 작성할 수 있다.
워드패드에서 문서의 일부를 복사하거나 잘라내기로 클립보드에 저장할 수 있는 OLE 기능이 있어서 그림이나 이미지를 하나의 개체의 형태로 이용할 수 있다.

나. 그림판
한글 윈도우 3.1의 [페인트] 프로그램에 해당하는 [그림판]을 사용하면 그림을 작성하고 수정하거나 볼 수 있다. [그림판]에는 이동 가능한 도구 상자, 색상 상자, 미리 보기 등 새로운 기능이 많이 있다. [시작]버튼을 누르고 [프로그램]을 가리킨 다음 [보조프로그램]을 가리키면 [그림판]이 나타난다.
   그림판 활용
     파일 : 11개의 서브 메뉴로 구성되어 있다.
     그림판 메뉴에는 파일, 편집, 보기, 그림영역, 옵션, 도움말로 구성되어 있다.
     편집 :9개의 서브 메뉴로 구성되어 있다. 그 중 선택영역 저장은 필요한 그림 일부분을 저장한다.
     보기 메뉴 : 5개의 서브 메뉴로 되어 있다. 그 중 도구상자(Ctrl + T)와 색상표시(Ctrl + A)를 그림판에 나타낼 경우 선택하면 된다.
     그림영역 : 대칭이동/회전, 늘이기/기울이기, 색반전, 속성, 지우기로 구성되어 있다.
     옵션 : 색편집, 색가져오기, 색저장, 불투명하게 그리기로 구성되어 있다.
   문자표
시스템의 문자별 코드표로서 각종 특수문자에 대한 코드명과 번호를 알려준다.
즉, 각종 응용프로그램 사용시 특수문자를 입력할 때 편리하다.

가. 시동디스크 작성
   윈도우에서 시동 디스크는 윈도우 시스템이 작동하지 않거나 바이러스 등으로 인하여 윈도우가 부팅되지 않을 때 시동디스크로 시스템을 시작하기 위해 사용된다.
   시동 디스크 만들기
     윈도우를 처음 설치할 때 시동 디스크를 만들 수 있다.
     [시작]-[설정]-[제어판]-[프로그램추가/삭제] 더블 클릭한 후 [시동디스크] 탭을 선택하면 된다.

나. 시스템 모니터
   윈도우 시스템에서 시스템의 여러 가지 구성요소의 성능을 측정하여 문제의 원인을 파악하는데 있다.
   시스템 사용 상황 표시가 윈도우 98에서 [시스템 모니터]로 표시되고 있다.
   시스템 모니터의 기능
     시스템 설정의 변경사항이 미치는 영향을 보여준다.
     하드웨어 업그레이드의 필요성을 파악할 수 있다.
     시간에 따른 시스템 구성요소의 성능을 파악할 수 있다.
     시스템에 과부하 여부를 판단한다.
     네트워크 연결 및 자원 성능을 감시한다.
   [시작]-[프로그램]-[보조프로그램]-[시스템도구]-[시스템모니터]를 누르면 된다.
만약 설치되어 있지 않을 경우는 [프로그램추가/삭제]에서 설치하면 된다.

다. 시스템정보
시스템 등록정보의 대화상자에서 시스템의 기능을 파악할 수 있다.
   일반 : 시스템(윈도우 버전), 사용자 정보(사용자이름과 윈도우의 시리얼ID), 컴퓨터(컴퓨터명, 메모리 크기)의 정보를 표시하고 있다.
   장치관리자 : 컴퓨터에 설치되어 있는 하드웨어 장치를 볼 수 있다. 여기에는 [등록정보], [최신정보고침], [제거], [인쇄],를 통하여 각종 장치를 관리한다.
   하드웨어 초기 파일 : 윈도우 시작시 시스템상의 하드웨어 변경에 따라 여러 가지 다른 하드웨어 환경을 선택 할 수 있다.
   성능 : 메모리, 시스템자원, 파일시스템, 가상메모리, 디스크 압축, PC카드의 상태를 파악할 수 있고 고급 설정으로 [파일시스템], [그래픽], [가상메모리]를 추가 설정할 수 있다.

자신의 시스템을 최적화한다는 것은 여러 가지 의미가 복합되어 있지만, 주로 하드 드라이브의 파일과 폴더의 관리를 효율적으로 한다는 것에 정의를 내릴 수 있다.
즉, 하드 드라이브의 점검과 관리는 시스템을 보다 빠르고 안정적으로 사용할 수 있는 지름길이 된다.

가. 디스크 검사
디스크 검사는 디스크 상태를 검사하고 폴더와 파일의 오류 및 디스크 표면의 오류를 검사한다. 폴더내의 파일이 잘못된 곳이 있으면 파일을 삭제하든지 이를 무시하고 검사를 할 수 있다. 또 손상된 파일조각을 삭제하던지 파일 변환으로 변환할 수 있다. 테스트 유형에는 표준검사와 정밀검사가 있다. 표준검사에는 파일과 폴더의 에러를 검사하고, 정밀검사에는 파일과 폴더를 검사한 다음 디스크 표면을 검사한다. 또한 에러를 자동적으로 고치기 위해서는 오류자동수정을 선택하면 된다. 만약 고급옵션에 있는 요약 정보 표시, 손상된 파일조각, 기록파일, 파일검사항목, 교차 연결된 파일, 호스트 드라이브 우선 검사를 선택할 수 있다.

나. 디스크 조각 모음
디스크 조각 모음은 비연속적으로 쓰여진 파일이나 폴더들이 여러 곳에 흩어져있는 것을 연속적으로 정리해서 디스크의 작업 수행 속도를 향상하도록 하는데 있다. 즉 분산된 파일을 재배치하여 디스크를 최적화 함으로서 디스크 성능을 향상시킬 수 있다.

다. 디스크 공간 늘림
디스크 공간 늘림을 위해서는 디스크(하드디스크, 플로피디스크)를 압축하게 된다.
즉, 디스크에 있는 데이터를 압축함으로서 디스크 영역의 공간을 늘리게 된다. 디스크를 압축할 때는 일반적으로 512KB의 용량을 가지고 있어야 한다. 디스크 드라이브를 압축하면 50~100% 정도 용량을 크게 할 수 있다.

라. 백업
백업은 시스템관리 중 하나로 자료(data)를 안전하게 보관하는 것이다. 유사시 불의의 사고를 예방하기 위해 데이터파일이나 프로그램을 안전하게 복사하여 보관하는 작업을 말한다.

마. 자원 측정기
현재 사용자가 사용하고 있는 컴퓨터의 자원을 알려준다. 즉 시스템 자원, 사용자 자원, G야 자원의 사용 가능한 비율을 표시한다.